霊芝製品を製造するにあたって、その製造方法はもちろんですが、製造に用いる原料の良し悪しが、完成品のできを大きく左右します。では、良い霊芝原料とは、いったいどのような霊芝なのでしょうか？
一般的に良い品質と言われる霊芝は、「傘が大きくて肉が厚く、柄が太く、色艶が良いもの」と表現されますが、見た目の良さがはたして本当に品質の良さにつながるのかは確かでありませんでした。そこで1985年～1986年にかけて、和漢医薬学会学術総会や日本薬学会において、「同じ抽出方法を行う限りは、上記のような古典的評価方法が比較的正しい」というような報告がなされています。また、「産地・菌種の違いによる著しい成分差異は見られず、オガクズ栽培よりも原木栽培の方が有効成分を多く含む」「栽培条件だけでなく、収穫時期も重要である」というような報告も同時に行われたようです。
霊芝には、認められているだけで200種類以上、構造式まで分かっているもので20種類以上の、有効成分が含まれていると言われています。しかし、霊芝自体が繊維質のため、そのまま体に入れても、それらの有効成分を吸収するのは難しいと思われます。そこで、一般的な加工方法として採用されているのが、有効成分を抽出して利用する、というものです。一般的には水（熱水）を用いた抽出方法が採用されますが、近年、アルコールを使った抽出方法によって、水では出てこなかった成分も抽出できるとされ、両方のやり方が採用されるケースもあるようです。各メーカーによってその抽出方法は違うはずなので、ここでは細かいプロセスまでは割愛させていただきますが、温度や時間、回数などによって、なるべくたくさんの成分を抽出できるように、長年研究がなされてきました。抽出したエキスをそのまま原液としてドリンクなどに利用する場合もありますし、スプレードライ乾燥などで粉末エキス化してから加工する場合もあります。また、この方法以外にも、昨今は、細胞壁破砕方法や、冷凍粉砕方法など、様々な方法が色々なメーカーによって試されているようです。